Imagens estereoscópicas básicas podem ser feitas usando um software para "misturar" duas fotos comuns ligeiramente deslocadas, mas isso só serve para objetos estáticos. Para alvos em movimento, você pode comprar a Fuji Finepix Real 3D W1, ou usar esse hack de 20 dólares em duas Canon PowerShot.
O tutorial do MaximumPC usa um software de sincronização de imagens 3D chamado StereoData Maker, um update de firmware não-volátil baseado no CanonHack Development Kit (CHDK).
Daí você vai precisar fazer uma estrutura para as câmeras e usar um pequeno compartimento (tipo uma latinha de Altoids) para fazer um acionador remoto USB simples. Para o pós-processamento, usa-se um software chamado StereoPhoto Maker. E sim, você vai precisar de óculos 3D ridículos. Mas ainda assim, parece divertido. Instruções completas aqui: [Maximum PC]