O terceiro filme apresentará um novo vilão para as telonas, Shadow The Hedgehog. O personagem foi confirmado na trama após aparecer na cena pós-créditos do segundo longa.
Yuji Naka, co-criador da franquia do ouriço azul, chegou a confirmar a história, mas voltou atrás. Suspeita ganhou força após problemas com royalties obrigarem mudanças na trilha sonora da remasterização do game